انسان باید در دو چیز استاد داشته باشد یکی اخلاقیات و دیگر عُرفیات ( آیت ا... مجتهدی )
مرحوم آیت الله مجتهدی به مسأله ولایت و محبت اهل بیت (ع) توجه زیادی داشتند و برای برقراری و تداوم ارتباط روحی و معنوی طلاب با خاندان عصمت و طهارت (ع) بعد از کلاس درس به مدت 5 تا 10 دقیقه به ذکر مصائب اهل بیت (ع) میپرداختند.
برخلاف روش مرسوم در حوزههای علمیه که روز شهادت معصومین (ع) درس و بحث تعطیل میشود، در مدرسه ایشان درس و بحث به روش دیگری که سوگواری و عزاداری میباشد، ادامه مییافت
.آیت الله مجتهدی در اینباره میفرمودند: «روز شهادت معصومین (ع)، جلسهِ درس ما تعطیل نمیشود، بلکه درس و بحث عوض میشود و طلاب در روز شهادت معصومین(ع)، با ولایت ائمه اطهار پیوند میخورند.»
ایشان تأکید میکردند که طلاب در روز شهادت معصومین(ع)، در مراسم سوگواری و عزاداری مدرسه شرکت کنند و با انجام مراسم عزاداری و سینهزنی و گریه بر مصائب اهل بیت رابطهای قلبی و معنوی با ائمه(ع) برقرار کنند. بر همین اساس میفرمودند: «باغبان، نهالها و درختها را قلمه میزند. ما نیز طلاب مدرسه را با ولایت در روز عزاداری و شهادت قلمه میزنیم.» و نیز تصریح میکردند: «در اوایل، روزهای شهادت تمام معصومین (ع) مراسم عزاداری و سینه زنی داشتیم، جز روز عاشورا. زیرا با خود میگفتم: روز عاشورا در همه جای ایران مراسم عزاداری و سینه زنی برای سالار شهیدان حضرت اباعبدالله الحسین (ع) برگزار میشود و دیگر نیازی به اقامهِ عزا در روز عاشورا در مدرسه ما نیست؛ تا این که شبی در عالم روِیا دیدم که مرا به زیارت قبور مقدسه ائمه اطهار (ع) برده و قبور آنان را به من معرفی میکنند. هر چه دقت کردم دیدم مرا به نجف، کاظمین، سامراء... بردهاند و لیکن به کربلا نرفتم و صحن و سرای حرم امام حسین(ع) را به من نشان ندادند. وقتی از خواب بیدار شدم با خود اندیشیدم که به چه دلیل به زیارت حرم امام حسین (ع) نایل نشدم، سرانجام دریافتم که چون برای تمام ائمه غیر از امام حسین(ع) مراسم عزاداری و سینه زنی در مدرسه اقامه میکنیم مرا به زیارت ائمه معصوم غیر از امام حسین (ع) بردند. از آن واقعه به بعد هر سال در مدرسهِ ما مراسم تاسوعا و عاشورا با شور و شوق زیادی برگزار میشود و جمعیت زیادی هم در این مراسم شرکت میکنند.»ایشان با توجه به این که حوزهِ علمیه را سرپرستی میکردند، به منش و زیطلبگی که در بطن واقعیات در واجبات طلبگی است، اهمیت داده و همواره طلاب و فضلای جوان را به رعایت آن سفارش میکردند و طلاب را روحانیانی اندیشهور، آگاه، جذاب، مبلّغ و مردمدار بار میآوردند.
برای مثال، ایشان طلاب را به امر معاش و مراودات اجتماعی و پوشش مناسب و ظاهری آراسته و... رهنمون و از رفاه بیش از حد در زندگی بر حذر میداشتند. به جنبهِ علمی طلاب هم توجه ویژهای داشتند. ایشان در گزینش طلاب، بسیار دقت میکردند. وقتی طلاب پس از گذراندن دورهِ مقدمات، تمایل داشتند به کسوت روحانیت درآیند، باید توسط اساتید و دفتر مدرسه، تأیید اخلاقی می شدند و در نهایت اجازه ملبّس شدن را دریافت می کردند و سرانجام طی یک مراسم به یادماندنی، به دست ایشان به این لباس شریف، ملبس میشدند.آیت الله مجتهدی طلاب را به داشتن رگ عوامی ترغیب میکرده و میفرمودند: «یک طلبه و یک اهل علم، علاوه بر تحصیلات علوم، باید یک رگ عوامی هم داشته باشد. یعنی مثل عوام الناس باشد. مبادا این علم و تحصیلات برای ما حجاب شود و ما را متکبر کند و خود را بالاتر از همه بدانیم. علامه طباطبایی در حرم امام رضا(ع) در نماز آیت الله میلانی شرکت میکردند و در صفهای آخر نماز در کنار مردم عادی به نماز میایستاد.ایشان، طلاب را به احترام و تعظیم استاد سفارش کرده، میفرمودند: «اگر میخواهی علمت برکت داشته باشد، استاد را تعظیم کن و به او احترام بگزار. اگر استاد را احترام و اکرام نکنی، دیگر به درد طلبگی نمیخوری و علمت، برکت نخواهد داشت. تجربهِ نیم قرن به من ثابت کرده است که اگر اساتید از تو راضی نباشند، به جایی نخواهی رسید؛ اگر چه در این راه استقامت داشته باشی، و تعظیم استاد و فقط تعظیم و احترام ظاهری نیست، بلکه باید در باطن نیز استاد را تعظیم نمایی. طلاب باید کتاب منیه`المرید شهید ثانی را تهیه کرده و بخوانند و عمل نمایند.»
آیت الله مجتهدی دربارهِ پرهیز از دوست و رفیق بد، طلاب را راهنمایی کرده و میفرمودند: «استاد ما آیت الله حاج شیخ علی اکبر برهان (رحمه`الله علیه) نقل میکردند: دو کیلو قند و یک کیلو زعفران را شب بگذار کنار پیت نفت. صبح که شد دیگر نمیشود از آنها استفاده کرد، رفیق بد هم همینطور است
.»در پایان باید اشاره کرد که ایشان به مناعت طبع، علو همت، قیافهای در خور و شأن طلبه، فرار از مرید بازی، احسان به دیگران، داشتن وقارو بردباری، دوری از وسواس و رذائل اخلاقی بسیار اهمیت و طلاب را مورد سفارش قرار میدادند.
دوستداران و علاقهمندان جهت آشنایی با بیانات و سخنان ایشان، میتوانند به کتاب آداب الطلاب مراجعه کنند