حضرت آیت الله خامنهای با اشاره به ظرفیت بسیار بالا و نسل بالنده کنونی حوزههای علمیه و خدمات علمی آنها تأکید کردند: آینده نگری، مدیریت تحول، برنامهریزی علمی، بازنگری در متون آموزشی، سیاستگذاری متناسب با نیازهای علمی حوزهها و ترسیم چشم انداز آینده، و اهتمام بیش از پیش به کرسیهای آزاد اندیشی علمی از ضرورتهای اساسی ادامه حرکت رو به رشد و افزایش نفوذ و تأثیرگذاری حوزههای علمیه با توجه به رشد سریع و پرشتاب تحولات و فناوریهای نوین است.
ایشان با تأکید بر لزوم نهادینه شدن آیندهنگری در حوزههای علمیه، نقش شورایعالی حوزه علمیه قم، بزرگان و حضرات مراجع را در این خصوص یادآور شدند و افزودند: با توجه به مسئولیت سنگین حوزههای علمیه و روحانیت درخصوص دینداری مردم، اهمیت آیندهنگری بسیار مضاعف است.
رهبر انقلاب اسلامی، تحول را مسئلهای اجتنابناپذیر و حتمی دانستند و خاطرنشان کردند: کنارهگیری از تحول موجب از بین رفتن و یا منزوی شدن خواهد شد بنابراین، تحول را باید پذیرفت و آن را در جهت صحیح مدیریت کرد.
حضرت آیت الله خامنهای تحول در حوزههای علمیه را ضروری خواندند و با تأکید بر لزوم تحول در شیوههای آموزشی، پژوهشی، متون درسی حوزههای علمیه و همچنین اعطای مدرک مستقل حوزهای، افزودند: همه این امور برای تحول لازم است اما باید به گونهای مدیریت شوند که تحول در جهت صحیح باشد و حوزههای علمیه از آفات مدرکگرایی، و یا کاهش سطح علمی و دانایی در امان بمانند.
ایشان مدیریت کارآمد را برای تحول بسیار ضروری دانستند و با تأکید بر انجام برخی اصلاحات به منظور تکمیل مدیریت حوزههای علمیه، خاطرنشان کردند: مهمترین کار در حوزههای علمیه سیاستگذاری است که شورایعالی حوزه علمیه باید ضمن توجه بیش از پیش به سیاستگذاری، با بهره گیری از دیدگاهها و نظرات فضلا و بدنه کارشناسی قوی موجود در حوزهها، چشم انداز آینده حوزههای علمیه را با توجه به شتاب تحولات و پیشرفت علمی جهان تدوین کند.
رهبر انقلاب اسلامی در همین خصوص نهاد مدیریت در حوزه علمیه را بسیار با اهمیت دانستند و افزودند: یکی از نیازهای حوزههای علمیه، بهرهگیری از یک شورای برنامهریزی آگاه به شیوههای علمی و نوین برنامهریزی است.
حضرت آیت الله خامنهای همچنین با تأکید بر لزوم جدی گرفته شدن کرسیهای آزاد اندیشی افزودند: حوزههای علمیه همواره مهد آزاداندیشی و بحثهای جدی علمی بودهاند بنابراین کرسیهای آزاداندیشی باید به یک عرف در حوزههای علمیه تبدیل شوند و زمینه تحمل دیدگاههای مختلف علمی فراهم شود.
ایشان ضرورت تشکیل هیأتهای علمی برای سطوح و رشتههای مختلف علمی و رسمیت یافتن آن در حوزههای علمیه نیز تأکید کردند.
رهبر انقلاب اسلامی همچنین با اشاره به ضرورت توجه به تبلیغ در داخل و خارج کشور، لزوم اهتمام بیش از پیش به غنابخشی محتوای مطالب و منابع را یادآور شدند و تأکید کردند: تشکیل یک مرکز به منظور تربیت طلاب برای تبلیغ در عرصه بینالمللی لازم به نظر میرسد.