علامه طباطبایى با امام خمینى از قدیم روابط دوستانه داشت و براى ایشان احترام قایل بود و با پیروزى انقلاب اسلامى ، امام امت را به عنوان بنیانگذار جمهورى اسلامى و رهبر کبیر نهضت اسلامى ایران قبول داشت و همواره این اصل را مایه سعادت ، سیادت و عزت مسلمانان مى دانست هنگامى که یکى از بزرگان فلسفه به قم آمد و در مجلسى از امام پرسید شما آقاى طباطبایى هستید؟ علامه فرمود طباطبایى منم ، ایشان آیه الله خمینى استاد من هستند و همه مى دانستند که علامه سخن به مجامله نمى گفت .
آیه الله ابراهیم امینى گفته است دوست داشتم بدانم میان حضرت امام و علامه طباطبایى کدام یک در فلسفه برترند و به همین جهت روزى آن دو استاد گرانقدر را براى صرف ناهار طلبگى به حجره خویش دعوت کردم و مساءله اى فلسفى پیش کشیدم هر دو نفر خوب گوش دادند اما ساکت ماندند لحظاتى بعد علامه نگاهى به امام کردند و امام با لبخندى پاسخ را به علامه واگذار نمودند. علامه جواب سؤ ال را فرمودند، پس از آن پرسش فلسفى دیگرى از امام کردم ، ایشان نگاه مودبانه اى به علامه کردند و سپس شروع به پاسخ دادن نمودند و اینبار علامه سراپا گوش بودند و خاموش . در هر حال نتوانستم آن دو استاد را به بحث طلبگى و مناظر فلسفى بکشانم ، گویا منظورم را درک کرده بودند. علامه طباطبایى پس از قیام امام خمینى در برابر ستم و استکبار گفت :ایشان خیلى قاطع کلام خود را بر زبان جارى مى نماید. فردى از اهل علم ، ساکن مشهد در امر امام خمینى تردید داشت ، یک بار که علامه به زیارت بارگاه قدس رضوى آمد درباره امام از وى سوالاتى نمود، علامه در جواب آن مرد مردد گفت : امام بر ملکوت مسلط است .وقتى امام به قم عزیمت نمود و در کوچه علامه طباطبایى سکونت اختیار نمود همسایه ها براى سهولت در دیدارها و ملاقات ها خانه هاى خود را تخلیه کردند. علامه به امام گفت : اگر لازم است ما هم چنین کنیم ، امام فرمودند همسایگى شما براى ما مغتنم است و چون امام در همسایگى علامه قرار داشت و سروصداهاى ناشى از صوت بلندگوها و همهمه مردم خیلى زیاد بود از علامه پرسیدند از این جهت اذیت نمى شوید؟ او لبخندى نمود و گفت هر چه از دوست رسد نیکوست در حالى که از ناراحتى اعصاب رنج مى برد و نیاز به آرامش داشت .استاد سید محمد باقر موسوى همدانى (ره ) گفته است : علامه طباطبایى به قدرى از پیروزى انقلاب اسلامى به رهبرى امام خمینى شادمان بود که نمى توانست از اظهار آن خوددارى کند. روزى به من فرمود دلم مى خواهد رژه ارتشى ها را در برابر امام ببینم ، عرض کردم هم اکنون آنان در کوچه هستند و چند لحظه دیگر برنامه آنان آغاز مى شود بلند شوید تا دم در از نزدیک مشاهده کنید، عبا را بر دوش گرفتند که ناگهان صداى موزیک ارتشیان برخاست آمدیم پشت درب منزل و چون من درب را گشودم ایشان محو تماشاى رژه نیروهاى نظامى از برابر امام گردیدند و مکرر با هیجان مى فرمودند: چقدر جالب است . امام خمینى پس از رحلت علامه طباطبایى در طلیعه یکى از بیانات خود فرمودند: ((من قبلا باید از این ضایعه اى که براى حوزه هاى علمیه و مسلمین حاصل شد و آن رحلت مرحوم علامه طباطبایى است اظهار تاءسف کنم و به شما و ملت ایران و خصوص حوزه هاى علمیه تسلیت عرض کنم خداوند ایشان را با خدمتگزاران به اسلام و اولیاى اسلام محشور فرماید و به بازماندگان و متعلقین و شاگردان ایشان صبر عنایت فرماید. البته فرداى روز رحلت علامه یعنى در 25 آبان 1360 مجلس ترحیمى از سوى امام خمینى براى ایشان در مدرسه عالى شهید مطهرى برگزار گردید. و مقام معظم رهبرى حضرت آیه الله خامنه اى پیام تسلیتى در سوگ علامه خطاب به امام راحل صادر فرمودند که در فرازى از آن آمده بود.((محضر مبارک رهبر انقلاب و بنیانگذار جمهورى اسلامى امام خمینى (مد ظله العالى ) ارتحال عالم ربانى و دانشمند عظیم الشان ، فیلسوف و مفسر کبیر قرآن حضرت آیه الله علامه طباطبایى را که یکى از مفاخر کم نظیر عالم اسلام بودند به پیشگاه ولى عصر (ارواحنا له الفدا) و حضرت امام خمینى ، رهبر کبیر انقلاب و حوزه هاى علمیه مخصوصا حوزه مقدس قم و مراجع عظام تقلید و شاگردان این مرحوم و همه دانشمندان و عاشقان علم و فضیلت تسلیت عرض مى کنم ...))